Labor für Computational Biology
Themen und Schwerpunkte
- Molekulardynamiksimulationen (MD) von medizinisch relevanten Proteinen und Protein-Medikament/Ligand-Komplexen
- Mechanismen ligandeninduzierter Allosterie in Signalproteinen
- Evaluierung von „enhanced sampling“-Methoden zur Berechnung von Ligandenbinderaten
- Dimensionsreduktion von Simulationsdaten zur Aufklärung molekularer Mechanismen
- Integration von experimentellen und theoretischen Daten zum Verständnis molekularer Mechanismen
Ausstattung
- Linux-Standalone-Workstations für die Datenauswertung
- 100 TB Fileserver für Simulations- und Auswertungsdaten
- HPC CPU/GPU-Hybridknoten (AMD EPYC 24-core CPU + NVIDIA L40 GPU) für Simulationen
- Genutzte Software: Gromacs, VMD, PyMOL
- Datenauswertung: Python-basierte Programmpakete
Ausgewählte Publikationen
- Jäger, M.; Wolf, S. More Sophisticated Is Not Always Better: A Comparison of Similarity Measures for Unsupervised Learning of Pathways in Biomolecular Simulations. J. Phys. Chem. B 2025, 129 (42), 10956–10966. https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.5c04586.
- Cai, W.; Jäger, M.; Bullerjahn, J. T.; Hugel, T.; Wolf, S.; Balzer, B. N. Anisotropic Friction in a Ligand-Protein Complex. Nano Lett. 2023, 23 (10), 4111–4119. https://doi.org/10.1021/acs.nanolett.2c04632.
- Wolf, S.; Sohmen, B.; Hellenkamp, B.; Thurn, J.; Stock, G.; Hugel, T. Hierarchical Dynamics in Allostery Following ATP Hydrolysis Monitored by Single Molecule FRET Measurements and MD Simulations. Chem Sci 2021, 12, 3350–3359. https://doi.org/10.1039/D0SC06134D.
- Wolf, S.; Lickert, B.; Bray, S.; Stock, G. Multisecond Ligand Dissociation Dynamics from Atomistic Simulations. Nat. Commun. 2020, 11 (1), 2918. https://doi.org/10.1038/s41467-020-16655-1
Kontakt
Laborleitung
Prof. Dr. Steffen Wolf
Prof. Dr. Steffen Wolf
Kommunikation
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64295 Darmstadt
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